在总共写了六十余份辞职报告后，到了万历四十二年的八月，万历皇帝终于批准叶向高致仕。叶向高在任职首辅期间，始终保持其清正的声望，每一件事都有独立的主见，效忠皇上而不阿谀。如敦请太子出席讲筵、为瑞王请婚、福王出京、补缺官、罢矿税，都是再三陈述理由，试图以最正确的方式进行处理。但是，他的建议大都不被万历皇帝采纳，所用者，不过十之一二而已。

叶向高去职之后，朝廷政局愈来愈糟，政府机构瘫痪，官员都处于失控状态。他们彼此拉帮结派，相互攻讦。叶向高在位时，党派斗争已经开始，他走之后，党派斗争便到了白热化的程度。

事情源于东林书院。一位退休官员顾宪成在老家无锡闲居，创办了一所东林书院，收徒讲学。一时间，跟着他讲学的人很多，其中不少是官员。因为影响力日渐增强，故嫉妒者也一天天增多。自此，凡是参与在东林讲学的人，便被称之为东林党。而当时朝廷官员，几乎达到了无官不党的地步。最先与东林党抗衡的，叫“宣昆党”。乃是因为该党的两大党魁一个是国子监祭酒汤宾尹，安徽宣城人；一个是左春坊谕德顾天竣，江苏昆山人，取二人籍贯，故称为“宣昆党”。这两个人召聚学生为同伙，干预朝廷大政，影响极坏。兹后，又有齐党、楚党、浙党。为首者都是朝廷大臣。这些党或是以老乡，或是以师生同年等各种关系纠合在一起，都以攻击东林，排斥异己为宗旨。并创立“大东”、“小东”之说，大东指的是东宫太子，小东指的是东林书院。反对东林的四党互相联盟，凡不符合其意趣的，必欲倾力排挤。所以，在朝廷为官者，若不依附于他们，便不能安于其位。因此，这些树党者被称之为“当关虎豹”。

相比之下，东林党人比较正直。到熹宗、光宗时代，四党之人借助魏忠贤的势力，对东林党人必欲赶尽杀绝。到了天启年间，朝中奸臣给东林党下了一个定义：凡是万历年间争立皇长子为太子者，为李三才辩护者，揭发韩敬科场事件者，要求复查熊廷弼案件者，争辩梃击案者，争论移宫、红丸两案者，触犯魏忠贤者，都被指为东林党。这样一来，朝廷中凡是正直的大臣，几乎都成了东林党人。这帮人还别出心裁地弄了一个《东林点将录》，被视为东林党党魁的，既不是顾宪成，也不是高攀龙，而是叶向高。

叶向高保全善类，但从不结党。他之所以被定为东林党魁，乃是因为在党派斗争中，他保持中立，但坚持正义。这样，东林党中的许多正人君子得到了保护。叶向高离开政坛后，党派争斗最终衍变成党祸。这是万历时期继矿税之后又一个促使明朝灭国的灾咎。

就在万历不理朝政，百官陷入党争之时，东北的女真人已经崛起。万历四十四年（1616）正月，大清太祖高皇帝努尔哈赤在冰天雪地中称帝，建立年号为天命元年。明朝的掘墓人已经出现了，清醒的人已经闻到了这个政权的尸臭，但万历皇帝本人尚浑然不觉。

清太祖称帝后的第三个月，万历皇帝应允考察京官，主持考察的是浙党之人。一个月之后，齐党、楚党、浙党三党官员尽居要职，而所有不肯依附的官员一律被斥为东林党，尽数驱逐一个不留。对这种官场乱象，万历皇帝仍不置一词。

万历四十八年的七月二十一日，万历皇帝在乾清宫驾崩，终年五十八岁。

九天后，皇太子朱常洛继任，是为光宗。一个月后，即九月一日，光宗驾崩，享年三十九岁。

六天后，朱常洛的皇长子朱由校即位，是为熹宗。半个月后，熹宗皇帝赐予太监魏忠贤以世代继承官职的特权，熹宗同时册封自己的奶妈客氏为奉圣夫人。自此，明朝政治掀开了最为黑暗的一页。