万历三十五年五月二十六日，万历皇帝签发了一道诏旨，任命退休在家的原礼部尚书于慎行、礼部侍郎李廷机、南京吏部右侍郎叶向高三人同为礼部尚书兼东阁大学士，入阁参与机务。

自沈一贯与沈鲤同日退休后，内阁只剩下朱赓一位辅臣。朱赓为人淳厚谨慎，为政素无大过。他因是沈一贯的同乡而受到提拔，为此，亦为士林所诟病。二沈离职后，朱赓已经七十二岁，勉强支撑时局。其时，中央与地方政府处在瘫痪状态，吏治松懈，朝政涣散。朱赓实感力不从心，于是给万历皇帝写了数十封奏疏，希望他补齐部院大臣，增补阁臣。万历皇帝概不答复。万般无奈，朱赓要求退休，并脱下官袍换上素服到文华门恳求，万历皇帝一味慰留，但言官又对他穷追不舍地弹劾，两相夹击，朱赓心力交瘁，死在任上。

于慎行、李廷机、叶向高的任命，便是在这种背景下产生。万历皇帝还下诏起用已退休多年的大学士王锡爵任首辅。王锡爵坚决推辞而不到任。于慎行勉强到任，但已病得下不了床，到京不到一个月就死于家中。在没有任何老臣掌舵的情况下，两位新任阁臣赶着鸭子上架，承担起权力中枢的责任。而李廷机因为是沈一贯体系中的人，所以一上任就遭到言官的猛烈攻击。这样，他亦不能全身心地投入工作。内阁的重担，实际上落在叶向高的身上。此时，内阁首辅名义上还是王锡爵，因他坚持闭门不出，从未履任。叶向高实际上承担着首辅的责任。

不知不觉到了万历三十七年（1609）的三月，这一天，礼科给事中王元翰带着家属徒步离开京城，挂冠而去。

这个王元翰当了四年言官，他为人清正，敢于揭露官场的腐败和种种违法乱纪的行为。因此，他遭到许多官员的忌恨。于是，便有一个名叫郑继芳的御史，受人嗾使，上疏弹劾王元翰“盗窃国库金银，克扣商人财产，赃物达数十万元”。王元翰非常愤怒，上疏辩冤。但万历皇帝仍然不闻不问。郑继芳之流便有恃无恐，派人将王元翰的家包围封锁。王元翰无法自明，只好将自家箱柜中的财物全部取出搬到大街上，听凭那些包围他家的官吏拿走，他自己则带着家人一路痛哭离开京城。第二天，吏部便将王元翰开除公职。

朝廷混乱到这种地步，以致奸人嚣张，君子去位，党同伐异，正气不伸。坐在内阁值房的叶向高，尽管知道皇帝“自作孽，不可活”，他仍针对王元翰事件的发生，及时上疏恳请皇上整理言官，将言官近年上疏的奏章尽数发还给群臣讨论。

由于皇上的不作为，言官们不再起到监察作用，而是利用弹劾的权力互相攻讦。责任虽在万历皇帝本人，但闹成这样子，又让万历更加讨厌。于是，所有言官上奏给他的弹劾文章，他一律留中不发。这种不分青红皂白、不分是非曲直的做法，使朝廷的监察系统遭到完全的破坏。叶向高身在其位，不得不担心后果，于是提出发还言官奏章的建议。他的本意是借此明辨是非。但是，万历皇帝照例是不置一词。

叶向高步入仕途已经二十六年，其中在北京待的时间不过六年，大部分时间都是在南京担任闲职。明代的帝师中，留下著作最多的两个人，一个是宋濂，另一个就是叶向高了。宋濂五十岁才入仕，此前一直教书做学问，所以著作多。叶向高虽然入仕早，但一直坐在冷板凳上，有时间读书写作，所以有着丰富的笔墨生涯。

叶向高之所以被万历皇帝选中入阁，第一是他的学问，第二乃是因为他一直离权力中枢远，没有树敌结怨，任用他各派力量都能接受。但是，在万历皇帝的心目中，他希望的首辅不是那种精明强干励精图治的干臣，只要能当好维持会的会长就行。张居正之后，首辅这个位子上，再不可能产生政治强人。

叶向高当然知道万历皇帝的心思。他上任之后，从不提重振朝纲，革除弊政这样一些应该做也必须做的事情，而是顺势而为，做一些力所能及的事，如恳求皇上让太子上学，补充缺官等。但是，即便是这样一些事情，万历皇帝仍然不予采纳。到这时，太子朱常洛差不多二十六岁了，但还是一个半文盲，万历皇帝阻止他出阁读书。作为他名义上的老师，叶向高痛心疾首，却又无可奈何。