万历皇帝在位四十八年，是明朝十六个皇帝中享祚最久的一个。有史家认为，明朝灭亡的最大罪人不是别人，正是这位万历皇帝。他一生中做过最激烈的事，便是对张居正的清算。从那以后，他退居深宫，对一应朝廷大事，都表现出漠不关心，好像这天下不是他的一样。斥责他的大臣很多，但他概不答理。这种忍耐性也确实了得！他的爷爷世宗皇帝处理“大礼案”，凡是反对他的人，一律治以重罪。万历皇帝挨骂的次数与程度，都远远超过世宗，但他只当什么事儿都没发生，十之八九的奏疏都留中不发。这其中当然也包括叶向高的这一篇。万历皇帝被叶向高斥为祸国殃民的罪魁祸首，不但不生气，反而给叶向高升官，调任叶向高为南京礼部右侍郎。叶向高此次在北京只待了两年，名义上当了太子的老师，却是连太子的面都没有见着。在南京不知不觉又待了九年，由礼部右侍郎改任为吏部右侍郎。虽然品级一样，但由礼改吏，在官场看来，这等于是晋升。

其时，在内阁任首辅的是沈一贯。叶向高同沈一贯一样，都是史官出身，又同为太子的老师。所不同的是，叶向高的学问更扎实，他的论史文章，很多都有真知灼见。如他论述治理天下的原则：

夫王者之治天下，非以我治之也，以我治天下者，私天下者也。夫天下大矣，吾生一私心必有所徇于人，必有所不便，故其势不得不出于术。弥缝掩饰以愚斯民之视听，而济己之私，此有我者也。有我则我之心狭隘，而与王者不相似。夫所谓王者何也，公其心而矣。

（《王道荡平正直论》）

叶向高认为王者应行的王道就是天下为公，不要试图以权术蛊惑视听，采取愚民政策。这种民主政治的观念，在明代的政治家中并不多见。

论国家兴亡，叶向高亦有创见：

天下之祸，莫大于人臣之求胜也。人臣有邪正，君子小人，唐虞三代所不能免，其进退用舍，相为胜负，亦其势有必然，未成大害。惟君子用而专，务扶小人之所为；小人用而专，务扶君子之所为。各恃其胜心，快于一逞。

以国家之政事询臣下之意，向而为之君上者，泛泛然不能自主。卒之君子不胜则小人之祸烈矣。宋之极盛，则祥符、庆历年间。其时君子小人亦屡进屡退，而无损于治者，以政事出自朝廷。臣下去留，不能大有变更也。

（《宋论》）

这段论述，叶向高阐明一个观点，国家兴亡的主要承担者，就是皇帝。若皇帝有主见，则臣子中的小人再多，也不能有损于政治。

叶向高治吏论政，很少说那种酸溜的秀才话，也不落空泛。所发议论，都取之于史而落实在当下，是有的放矢，且切中时弊。张居正之后的帝王师与首辅，叶向高应是最有思想的一位。