着通事舍人来济的口说出自己的决定。来济说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”也就是说，废掉李承乾的太子之位，留他一条性命。

这样的答案当然也是李世民想要的，对于太子，他有一份内疚。平日来，他将自己的时间和精力都投放于盛世的打造上，日理万机，几乎没有时间分给诸皇子。他所谓的重视，也只限于身边官员的密报，而官员们审视皇子的态度，往往取决于自身利益。也正因为如此，那些传到皇帝耳朵里的话，真真假假让他无从把握。

随后，李世民颁下诏书，废黜太子李承乾，将其贬为庶民，囚禁在右领军府。不久后将其流放黔州（治所在今四川彭水县）。李承乾在这边瘴之地度过了两年生不如死的岁月，于贞观十九年（645年）抑郁而终。

处置完李承乾，接下来就轮到他的那帮党羽了。其中的大部分人都落得身首异处，但有两个人，李世民想要保全性命。一个是汉王李元昌，李世民打算饶他不死，无奈群臣极力反对，李世民只好将李元昌赐死于家中。另一个是侯君集。刚刚逮捕侯君集时，李世民就对他说：“朕不想看到你在公堂上遭刀笔吏的侮辱，所以亲自审问你。”但是不管李世民怎么审，侯君集就是拒不认罪。最后他的女婿贺兰楚石跳了出来，把老丈人与太子暗中勾结、策划政变的经过一五一十地揭发了，侯君集无话可说，只好低头认罪。